История коломенского духовного образования восходит к началу XVIII в. В 1723 г. при епископе Вениамине (Сахновском) учреждается Коломенская архиерейская школа.

В 1731 году она преобразуется в духовную семинарию. В конце XVIII в. здесь служит преподавателем о. Михаил Дроздов, диакон Успенского собора, потом коломенский священник, и, наконец, настоятель Успенского собора. Его сын Василий, будущий святитель Филарет, митрополит Московский и Коломенский, учился здесь в детские и юношеские годы. Но заканчивал он образование уже в Троице-Сергиевой Лавре, потому что в 1799 г. Коломенская епархия была упразднена, кафедра и семинария переведены в Тулу. Вместо семинарии в 1800 г. в Коломне учреждается двухклассное церковное училище.

В 1830-е годы в Коломенском духовном училище получал образование выдающийся церковный публицист и православный богослов XIX в. Никита Петрович Гиляров-Платонов. В конце XIX - начале XX в. при училище успешно работало братство св. Филарета Милостивого.

В конце 1917 г. училище было закрыто.

1 августа 1990 года по благословению Ювеналия, митрополита Крутицкого и Коломенского, было открыто Московское Епархиальное Духовное Училище, расположившееся в Свято-Троицком Ново-Голутвине монастыре.

В 1995-1996 учебном году оно переведено из Ново-Голутвина монастыря в отреставрированное здание Богоявленского Старо-Голутвина монастыря.

21 февраля 1996 года решением священного Синода Московской епархиальное духовное училище было преобразовано в Коломенскую Духовную семинарию. В настоящее время здесь обучаются 72 человека на дневном отделении и 180 человек на заочном. Педагогический коллектив составляют 42 преподавателей, из них 29 в священном сане. С 1999-2000 учебного года Коломенская духовная семинария переходит на обучение по новой 5-летней программе.